Los frutos secos no suelen tener problemas microbiológicos en su forma comercial, debido a la baja humedad. Pero sí que pueden tener otros problemas para su conservación. Un primer problema relativamente sencillo de solucionar es la posibilidad de que absorban agua. Al ser productos muy secos pueden captar agua, lo que los ablandaría y perderían crujencia, reduciendo su calidad organoléptica. Para evitar este problema basta con conservarlos en recipientes herméticos.
El segundo gran problema es el enranciamiento. Los frutos secos son ricos en grasas insaturadas, mucho más sensibles al enranciamiento que las saturadas. En concreto, las grasas más susceptibles al enranciamiento son las poliinsaturadas. Por tanto, los frutos secos más sensibles a este defecto son las nueces y los piñones, y en menor medida la nuez del Brasil. Por el contrario, debido al menor contenido de ácidos grasos poliinsaturados y al mayor contenido de vitamina E, antioxidante, los frutos secos que menor riesgo de enranciamiento presentan son las almendras, avellanas, nueces pecanas y las de macadamia.
En general los frutos secos se enrancian más rápidamente cuanto menor es el tamaño de partícula, y por tanto la exposición al oxígeno. Por tanto, se enrancian más rápidamente las harinas, seguidas del granillo, y en menor medida los frutos secos enteros.
Otro factor que puede incrementar el riesgo de enranciamiento es el tostado, al modificar algunas grasas y liberarlas, incrementando su exposición al oxígeno. Del mismo modo la fritura puede incrementar el riesgo de enranciamiento, en mayor medida que el tostado, tanto por el tratamiento térmico que supone como por el hecho de que el producto final absorba grasa. En este caso el riesgo de enranciamiento se incrementará con el contenido en grasas poliinsaturadas del aceite de fritura. El enranciamiento genera olores y sabores desagradables (a rancio), y destruye vitaminas antioxidantes, como la vitamina E.
Durante la conservación también se produce una pérdida de aromas por volatilización de compuestos volátiles. Este efecto se potencia en el caso de frutos secos pelados, y en mayor medida si están triturados, por una mayor exposición al ambiente.
Por último, hay que considerar que, aunque no sea un problema común en los productos que se comercializan, existen ciertos problemas de conservación típicos del almacenamiento industrial previo al procesado. Entre estos problemas y para los que se deben tomar medidas, está la presencia de insectos que se alimentan de los frutos secos. También es importante la contaminación con mohos cuando los frutos secos presentan una mayor humedad. Este problema es especialmente importante en el caso de los pistachos y en el cacahuete. Y el problema principal es que estos mohos dejan toxinas en los productos, que se mantienen en el producto comercial. Este problema, y especialmente con aflatoxinas, es de gran importancia en el caso del cacahuete, por lo que se establecen controles estrictos para evitar la presencia de estas micotoxinas en los productos finales.
Para incrementar la vida útil de los frutos secos, además de que estén en un envase hermético, con materiales impermeables a la humedad, se debe de tener en cuenta los factores que facilitan el enranciamiento. Tanto la exposición al oxígeno, como a la luz, y el calor, además del contacto con sustancias metálicas pueden favorecer el enranciamiento. Así será conveniente minimizar la incidencia de la luz sobre el producto. Hoy en día muchos frutos secos se comercializan en envases donde puede penetrar la luz. Esto se hace para que el consumidor pueda ver el producto que adquiere, pero perjudica su vida útil. Por tanto, estos envases deben guardarse en sitios oscuros a ser posible. Un envasado a vacío (ausencia de oxígeno) o en refrigeración también puede ayudar a reducir el enranciamiento. Sin embargo, esto no suele ser lo habitual, y no es necesario si los frutos secos se van a consumir o utilizar en un periodo de tiempo relativamente breve, pero sí si deben conservarse durante meses.
